Eski Çağlarda Dunaysır veya Düneysir ismiyle Artuklular döneminde kurulmuştur. Yapılan araştırmalara göre, şehir bir çok kez savaşlar sonucunda harabeye dönüşüp yer değiştirmiştir.
Buna göre ilk yerleşim alanı bugünkü şehir merkezinin 10 km güneyinde bir köy yerleşmesi olan Haramhattat'tır. Kızıltepe'nin tarihinde bilinen ilk isimleri Dünaysır ve Telermen'dir.
Bu yerleşim Urfa ile Diyarbakır'ı Musul'a bağlayan ticaret yolu üzerinde konaklama merkezi olarak önem kazanmıştır. XIII.yüzyılda Eyyubiler tarafından yağmalanmış, daha sonra Selçuklular, İlhanlılar, Memluklular, Akkoyunlular, Artuklular ve Timur buraya hakim olmuştur.
Dunaysır ismi, sonraki dönemlerde Koçhisar olarak değiştirilmiştir. XV.yüzyılda Karakoyunlular ile Akkoyunlular arasında sık sık el değiştirmiş, XVI.yüzyılda Safeviler buraya hakim olmuştur. Yavuz Sultan Selim'in Mısır seferi sırasında, 1517'de Osmanlı topraklarına katılmıştır.
Artukluların önemli bir kenti olan Kızıltepe, sürekli savaş ve yağmalandığından, Artukluların çarşı, han, hamam, cami ve medreselerle zengin bir kent durumuna getirdikleri bu yerleşim Osmanlıların eline harap halde geçmiştir.
Dunaysır ismi, sonraki dönemlerde Koçhisar olarak değiştirilmiştir. XV.yüzyılda Karakoyunlular ile Akkoyunlular arasında sık sık el değiştirmiş, XVI.yüzyılda Safeviler buraya hakim olmuştur. Yavuz Sultan Selim'in Mısır seferi sırasında, 1517'de Osmanlı topraklarına katılmıştır.
Artukluların önemli bir kenti olan Kızıltepe, sürekli savaş ve yağmalandığından, Artukluların çarşı, han, hamam, cami ve medreselerle zengin bir kent durumuna getirdikleri bu yerleşim Osmanlıların eline harap halde geçmiştir.
Artuklu dönemine ait, Ulu camii, Taşköprü, Tarassut Kulesi Şahkullubey Kümbeti, Harzem Harabeleri günümüze kadar ayakta kalan tarihi eserlerdir.
