Ağaçören İlçesi 1989 da kurulmuştur. M.Ö. 3.yüzyıl ve 4.yüzyıl Hititler zamanında yerleşim alanı olarak kullanılmış olup,daha sonraları Bizanslılar zamanında Kapadokya Bölgesi içinde kalmıştır. Bu zamanlara ait bölgeler ilçe sınırları içinde kalan Taşkale veKilise mevkiinden çıkan bulgulardan elde edilmiştir. Türklerin Anadolu'ya yerleşmeleri ile beraber bu bölgede Oğuzların Peçenekkoluna mensup Türkmenler 12. yüzyıldan itibaren yerleşmeye başlamışlardır ve Anadolu Selçuklularına bağlı olarak kalmışlardır. Bu devletin yıkılması ile bölgeye Karamanoğulları hakim olmuşlar ve daha sonra Kadı Burhaneddin Beyliği hakimiyeti altında bulunmuşlardır. Bölgenin ismi Osmanlı İmparatorluğu zamanında 15. yüzyıl’da Fatih
Sultan Mehmet döneminde Panlı olarak geçmiştir. Osmanlı Devleti'nin yıkılmasından sonra bölge düşman işgaline uğramamıştır. Fakat, işgal altında bulunan bölgelerdenPANLI’ya çok sayıda göç olmuştur. İlçemiz 1961 yılına kadar Panlı adıyla anılmış,daha sonra ismi Ağaçören olarak değiştirilmiştir.Ankara İli Şereflikoçhisar İlçesine bağlı bir kasaba iken 15 Haziran 1989 tarih ve 3578 Sayılı Kanun ile il olan Aksaray’a ilçe olarak bağlanmıştır.
