Ali bin İsa, Halife Muktedir-billah’a iki defa vezir oldu. İlk defa 913 senesi Muharrem ayında vezirliğe getirildi ve üç sene on bir ay vezirlik yaptı. Sonra bu görevden alındı ise de, 927 senesinde tekrar vezir oldu ve vefatına kadar bu vazifede kaldı. Halk gelir, dert ve sıkıntılarını, hiç çekinmeden kendisine anlatırdı. Onları çok iyi karşılar, muamelesinde hiç sertlik görülmezdi.
Hatta namaz hazırlığı yapıp, tam çıkıp gideceği zaman gelenleri kırmaz, gönül kırıklığı ile; “Ya Rabbi! Ben sana taat için yola çıktım. Ama muhtaç olan kullarının işini bitirebilmek için gene geri kaldım.” derdi. Müslümanlara hizmet etmenin, Allah’a hizmet etmek demek olduğunu çok iyi bilirdi.
Ali bin İsa, tasarrufları ile devletin maliyesini ıslah etti. Halife Muktedir’e, Bağdat ve daha başka vakfa müsait geliri olan yerlerin, Haremeyn’e ve sınır boylarına vakfedilmesini teklif etti. Bağdat’taki emlakın geliri on üç bin dinarı buluyordu. Ali bin İsa’nın bu teklifi, Halife tarafından kabul edildi. Bu vakıflar için Divan-ül-Beri ismi verilen hususi bir defter tutturdu.
Kötülük nedir bilmezdi. Vezirliği müddetince herkese iyilik yaptı. Çünkü Müslümanlığın; Allah’ın emirlerini yapmak, yarattıklarına merhamet etmek olduğunu çok iyi biliyordu. Bu düşüncede olan bir insanın, insanlara zulüm ve eziyet ettiği tarihte görülmemiştir.
Suli, onun hakkında şöyle demektedir: “Zühdü, Kur’an-ı kerimi hıfzetmesi ve dini bilgisi bakımından öyle bir vezir bilmiyorum. Gündüzlerini oruçla, gecelerini ibadetle geçirirdi. Önceleri, divanda katiplerin yaptığı işleri bizzat kendisi yapardı. Medine-i münevverede bulunan Eshab-ı kiramın torunlarına ikramda bulunmayı çok severdi. İnsanlara hiç ayırım yapmadan fakir, zengin, itibarlı demeden adaletle muamele etti. Zayıfların hakkını kuvvetliden aldı. Her bakımdan iffet sahibi bir zat idi.”
İdareciliği yanında akli ve nakli ilimlerde de alim olan Ali bin İsa’nın birçok eseri vardır: Divanu Resail, Meani-ul-Kur’an-il-Kerim, Cami-ud- Dua, Kitab-ul-Küttab ve Siyaset-ül-Memleketi ve Siret-ül-Hulefa eserlerinden bazılarıdır.
